Passa a existir apenas a lista para a assembleia municipal, sendo eleito presidente da Câmara o cabeça da lista mais votada, que depois escolherá uma maioria no executivo de entre os deputados eleitos. Os presidentes das juntas de freguesia perdem direitos nas assembleias municipais, o que está já a criar polémica.

Eleições autárquicasPS e PDS apresentaram ambos um projecto de lei que visa alterar o sistema eleitoral para os municípios, dentro da ideia de se criarem condições para um governo municipal estável e eficaz.
De acordo com o projecto, o presidente da câmara municipal será o cabeça da lista mais votada para a assembleia municipal, cabendo-lhe depois designar uma maioria absoluta dentre os restantes membros eleitos. Porém fica a garantia de representação das forças políticas não vencedoras no executivo.
Em contraponto, reforçam-se os poderes de fiscalização da assembleia municipal, tendo como corolário a apreciação da constituição e remodelação do executivo municipal, através da possibilidade de aprovação de moções de rejeição. Porém tais rejeições requerem uma maioria de três quintos, gerando, em caso de segunda rejeição, a realização de eleições intercalares.
Outra novidade é que esses direitos apenas são exercidos pelos membros da assembleia municipal eleitos directamente e em efectividade de funções, deixando de parte os presidentes de junta de freguesia, que até aqui eram membros de pelo direito das assembleias.
As novas regras não se aplicarão ainda às eleições gerais de 2009 para os órgãos das autarquias locais.
A Associação Nacional de Freguesias (ANAFRE) contestou já este acordo entre o PS e o PSD, pois o mesmo inviabiliza a possibilidade dos presidentes das juntas de freguesia votarem os planos de actividades e orçamentos das câmaras municipais. A ANAFRE considera que os planos de actividades e os orçamentos dos municípios também dizem respeito às freguesias, pelo que o projecto de lei conta com a oposição destes autarcas.
plb